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Anaconda環境では、構成をcondaで管理しています。
故に、インストール時のコマンドも、conda install コマンドを使用するべきです。
しかし、このコマンドでインストールできない時には、止む無く、別手段（pipコマンドでインストールする等）で、行うことになります。
ここで今回危惧されたことは、
（ａ）リソースの依存関係が一元管理できなくなる
（ｂ）インストールした（アプリケーション、ライブラリ等の）リソースがcondaで参照できなくなる
ということでした。
ところが、最新のAnacondaでは、幸い、上記（ｂ）については、ある程度、解消されている様でした。以下は、その際の、作業記録です。
１．conda list （作業前）
※上記ではまだmysqlclientライブラリはインストールされていません。
２．pip install （mysqlclientのインストール）
※pip コマンドによる mysqlclient のインストール実行（成功メッセージ）
３．conda list （作業後）
※上記２で、pipコマンドでインストールしたにも関わらず、
conda list で参照できました。
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